自動測定でラインを作成したのですが、うまく自動計測でラップが計測されません。

自動測定で作成されるラインは、ボタンを押した地点を中心に左右に仮想ラインが引かれる仕組みになっています。仮想ラインは位置情報並びにコンパスを利用しており、iPhoneの向きに応じてラインの角度が確定します。そのため、自動計測を行う際は地面と並行にiPhoneを持って、iPhoneの上部（ホームボタンのない側）を進行方向に向けた状態で自動計測ボタンを押すようにしてみてください。

自動計測以外にうまくコースを設定する方法はありませんか？

GoogleEarthを利用できる環境がある場合には、事前にコース上の任意のスタートラインの緯度、経度を決めた上でその緯度、経度をコースとして登録しておくことをお勧めします。
サンプルとして用意している富士スピードウェイのデータはGoogleEarthから緯度、経度を取得しています。参考までにGoogleEarthで設定した場所は下記のようになっています。

車載に設置した際に、感度が「最高」にならないのですが、設置方法はどのようにすればいいですか？

車内で位置情報を利用するには、車の天井などでiPhoneが隠れないように設置をしてあげる必要があります。
下記のようにフロントガラスに吸着するホルダーを利用することをお勧めしております。